Con el primero de los llamados «Austrias menores», Felipe II (III de Castilla) (1598 - 1621) se inaugura el difícil siglo XVII. Su medida más importante también en relación con Aragón fue la expulsión de los moriscos en 1610 que resultó nefasta: pérdida demográfica de un 15 % de la población aragonesa, la ruina del campo y desatención de riegos y acequias, pérdidas de alfares (Muel y Villafeliche). El vacío poblacional, a pesar de la inmigración francesa, fue notable y muchos lugares no se recuperaron hasta bien entrado el siglo XVIII.

Bajo Felipe III (IV de Castilla) (1621 - 1665) se intentó desarrollar la "Unión de Armas", un proyecto que intentaba crear una reserva militar de la monarquía a la que Aragón debía contribuir. Esta aspiración del Conde Duque de Olivares, valido real, contribuyó a aumentar las difíciles circunstancias económicas que arrastraba Aragón, al incrementarse la presión fiscal que perjudicó notablemente junto con la coyuntura el comercio y, con ello, los ingresos de la Diputación del Reino. Todo esto, más la prohibición del comercio con Francia, empobrecieron aún más al reino que, por otra parte, vivirá poco después las consecuencias de la peste de 1648-1654. Además la crítica situación aragonesa se complicó todavía más con la Guerra de Secesión de Cataluña (1640 - 1652), donde la franja fronteriza sufrió especialmente las consecuencias: saqueos, ataques y ocupaciones, etc. Las consecuencias de este reinado fueron muy graves para Aragón: continuas movilizaciones de hombres por las guerras contra Francia y Cataluña, falta de mano de obra, constantes requisas, medidas contra la población de origen francés, alojamientos de tropas ... que se resumen en dos palabras: inseguridad y pobreza generalizada. En todo este contexto hay que enmarcar la llamada conspiración del duque de Hijar (1648) contra la monarquía castellana.

Bajo el último de los Austrias, Carlos II (1665 - 1700) un personaje destacado fue don Juan José de Austria, hijo natural de Felipe III de Aragón. Contó con el apoyo de Aragón y de Cataluña para provocar el primer golpe de fuerza de la historia moderna de España (1677).